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Development and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh)

Desenvolvimento e mapeamento de microssatélites gênicos (EST-SSRs) de camu-camu (Myrciaria dubia [H.B.K.] McVaugh)

dc.creatorRojas, Salvador
dc.creatorRodrigues, Doriani
dc.creatorLima, Marcicleide
dc.creatorAstolfi Fhilo, Spartaco
dc.date2008-07-06
dc.date.accessioned2020-08-04T20:35:18Z
dc.date.available2020-08-04T20:35:18Z
dc.identifierhttp://revista.corpoica.org.co/index.php/revista/article/view/100
dc.identifier10.21930/rcta.vol9_num1_art:100
dc.identifier.urihttp://test.repositoriodigital.com:8080/handle/123456789/4475
dc.descriptionWe describe the development of expressed sequence tags - simple sequence repeats (ESTSSRs) or genetic microsatellites of camu-camu, a small round native fruit of the Amazon rain forest, which that has the highest known amount of natural vitamin C of any plant. Two thousand sequences from a camu-camu ESTs library were analyzed and 219 ESTSSRs were selected for the development of SSRs markers, of which 74.2% were perfect simple and 22.7% were perfect interrupted. The EST-SSRs were 13% trinucleotides and 87% dinucleotides; and the most frequent dinucleotides were GA, CT, AG and TC, also found in other dicots. These markers were used to probe their amplification power and to detect polymorphism in camu-camu and other four Mirtaceae family species; moreover, EST-SSRs sequences were also compared with protein sequences at the protein databases of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Of these EST-SSRs, 20.8% had good characteristics for primer design. From this group 15 primers were synthesized, eight of them had a good amplification power and presented polymorphism in 139 access of camu-camu with 7 to 21 alleles/loci. Also six of these polymorphic EST-SSRs amplified in the four mirtaceas species. The sequences of these eight EST-SSRs had some relationship with known proteins, five of them presented values between <1E-51 and <1E-109. This low cost methodology to obtain EST-SSRs from public libraries, could be used to get markers useful in the diversity, transferability and similarity with known proteins studies. en-US
dc.descriptionDescrevemos o desenvolvimento marcadores de nucleotídeos repetidos em tandem de seqüências expressas (EST-SSRs) o microssatélites gênicos de camu-camu, a qual é uma pequena fruta nativa da Amazônia que cotem o mais alto conteúdo de vitamina C natural de qualquer fruteira conhecida no mundo. Dois mil seqüências da biblioteca de ESTs de camu-camu foram analisadas e 219 EST-SSRs para o desenvolvimento de marcadores moleculares foram identificadas e analisadas. Dos 219 EST-SSRs 74,2% foram perfeitos simples e 22,7% perfeitos interrompidos. Os EST-SSRs foram 13% trinucleotídeos e 87% dinucleotídeos; os dinucleotídeos mais freqüentes foram GA, CT, AG e TC motivos comuns em outras dicotiledôneas. Os marcadores obtidos foram usados para identificar seu poder de amplificação para detectar polimorfismos e testar a transferibilidade com quatro espécies da família Mirtaceae; além disso, foram comparados com seqüências de proteínas de outras espécies depositadas nas bases de dados do National Center for Biotechnology Information NCBI. Dos EST-SSRs, 20,8% tiveram boas características para o desenho de “primers”, deste grupo 15 “primers” foram sintetizados, oito apresentaram polimorfismo para o camu-camu detectando em 139 acessos de camu-camu entre 7 e 21 alelos/loci, alem disso, seis de estes EST-SSRs amplificaram em quatro espécies mirtáceas. As seqüências dos oito EST-SSRs tiveram alguma relação com proteínas conhecidas, cinco apresentaram valores entre <1E-51 e <1E-109. Esta metodologia de obtenção de EST-SSRs de camu-camu a partir de informações de bases de dados públicas ou bibliotecas disponíveis, pode ser aplicada a baixo custo em outras espécies para estudos de diversidade, transferibilidade e nos estudos de similaridade com proteínas conhecidas.   es-ES
dc.formatapplication/pdf
dc.languagespa
dc.publisherCorporación Colombiana de Investigación Agropecuaria (Agrosavia)es-ES
dc.relationhttp://revista.corpoica.org.co/index.php/revista/article/view/100/100
dc.sourceCiencia y Tecnología Agropecuaria; Vol. 9 No. 1 (2008); 14-21en-US
dc.sourceCiencia & Tecnología Agropecuaria; Vol. 9 Núm. 1 (2008); 14-21es-ES
dc.sourcerevista Corpoica Ciência e Tecnologia Agropecuária; v. 9 n. 1 (2008); 14-21pt-BR
dc.source2500-5308
dc.source0122-8706
dc.source10.21930/rcta.vol9-num1
dc.subjectCamu-camuen-US
dc.subjectmicrosatellites EST (EST-SSRs)en-US
dc.subjectESTs Libraryen-US
dc.subjecttransferability.en-US
dc.subjectCamu-Camues-ES
dc.subjectMicrossatélites EST (EST-Ssrs)es-ES
dc.subjectBiblioteca Estses-ES
dc.subjectTransferibilidadees-ES
dc.titleDevelopment and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh)en-US
dc.titleDesenvolvimento e mapeamento de microssatélites gênicos (EST-SSRs) de camu-camu (Myrciaria dubia [H.B.K.] McVaugh)es-ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion


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