Mostrar el registro sencillo del ítem

Genetic variability in commercial subpopulations of creole colombian breed Romosinuano

Variabilidad genética en subpoblaciones comerciales de la raza criolla colombiana Romosinuano

dc.creatorBejarano, Diego
dc.creatorPedraza, Andrés
dc.creatorM.-Rocha, Juan Felipe
dc.creatorMartínez, Rodrigo
dc.date2012-06-08
dc.date.accessioned2020-08-04T20:35:31Z
dc.date.available2020-08-04T20:35:31Z
dc.identifierhttp://revista.corpoica.org.co/index.php/revista/article/view/246
dc.identifier10.21930/rcta.vol13_num1_art:246
dc.identifier.urihttp://test.repositoriodigital.com:8080/handle/123456789/4527
dc.descriptionGenetic variability is of great importance when analyzing the conservation of genetic resources and also constitutes the basis for the process of genetic selection and improvement. The main objective of this study was to determine the genetic variability of the Colombian breed Romosinuano through molecular techniques. This study used 12 microsatellite markers to determine the genetic diversity and population structure in a total of 119 individuals of the Romosinuano breed and 42 of the Zebu breed, distributed in different geographical areas of the country. The highest average number of alleles (ANA) was in the subpopulation Universidad del Tolima (UT : 7.92) and the lowest value was in the subpopulation Bonanza (BO: 4.08). The polymorphic information content (PIC) for all studied markers was informative, finding ranges between 0.47 (BM 1818) and 0.71 (BM 2113), with an average in population of 0.64. The fixation indices FIS (-0.20), FIT (0.37) and FST (0.14) showed a deficit of heterozygotes. A phylogenetic tree was made using the Nei method, the lowest genetic distance was between subpopulations Guillermo Soto (GS) and Edem (ED), while the highest occurred between subpopulations El Brillante (BR), Universidad del Tolima (UT) and Fabio Torres (FT). There is high genetic variability among the populations, but moderate values of homozygosity within them, so it is necessary to give more importance to the management of this gene flow to reduce inbreeding. These results are an important basis for defining new plans for assisted selection and breeding. en-US
dc.descriptionLa variabilidad genética es de gran importancia cuando se analiza la conservación de los recursos genéticos, además se constituye en la base para los procesos de selección y mejoramiento genético. El objetivo principal de este estudio fue determinar la variabilidad genética de la raza Romosinuano existente en Colombia por medio de técnicas moleculares. En este estudio se utilizaron 12 marcadores tipo microsatélites para determinar la diversidad genética y estructura poblacional en un total de 119 individuos de la raza Romosinuano y 42 de la raza Cebú, distribuidos en diferentes zonas geográficas del país. El valor más alto del número promedio de alelos (NPA) fue para la subpoblación de Universidad del Tolima (UT: 7,92) y el menor valor en la subpoblación Bonanza (BO: 4,08). El contenido de información polimórfica (PIC), para todos los marcadores estudiados fueron informativos, encontrándose rangos entre 0,47 (BM 1818) y 0,71 (BM 2113), con un promedio en la población de 0,64. Los índices de fijación FIS (-0,20), FIT (0,37) y FST (0,14), indicaron un déficit de heterocigotos. Se construyó el árbol filogenético, empleando la metodología de Nei, la menor distancia genética se presentó entre las subpoblaciones de Guillermo Soto (GS) y el Edem (ED), mientras que la mayor medida se presentó entre las subpoblaciones. El Brillante (BR), universidad del Tolima (UT) y Fabio Torres (FT). Existe una alta variabilidad genética entre las poblaciones, pero valores moderados de homocigosidad dentro de ellas, por lo que es necesario dar más relevancia al manejo de este flujo genético para reducir la consanguinidad. Estos resultados son una base importante para definir nuevos planes de apareamiento y selección asistida.   es-ES
dc.formatapplication/pdf
dc.languagespa
dc.publisherCorporación Colombiana de Investigación Agropecuaria (Agrosavia)es-ES
dc.relationhttp://revista.corpoica.org.co/index.php/revista/article/view/246/249
dc.sourceCiencia y Tecnología Agropecuaria; Vol. 13 No. 1 (2012); 97-107en-US
dc.sourceCiencia & Tecnología Agropecuaria; Vol. 13 Núm. 1 (2012); 97-107es-ES
dc.sourcerevista Corpoica Ciência e Tecnologia Agropecuária; v. 13 n. 1 (2012); 97-107pt-BR
dc.source2500-5308
dc.source0122-8706
dc.source10.21930/rcta.vol13-num1
dc.subjectgenetic variabilityen-US
dc.subjectmicrosatelliteen-US
dc.subjectPICen-US
dc.subjectNPAen-US
dc.subjectVariabilidad Genéticaes-ES
dc.subjectMicrosatélitees-ES
dc.subjectPICes-ES
dc.subjectNPAes-ES
dc.titleGenetic variability in commercial subpopulations of creole colombian breed Romosinuanoen-US
dc.titleVariabilidad genética en subpoblaciones comerciales de la raza criolla colombiana Romosinuanoes-ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.citationsAquino N, Veli EA, Rivas E, Rivas V, Estrada R. 2008. Variabilidad genética de bovinos criollos de perú utilizando marcadores microsatélites. Arch Zootec 57(219):337-340. Arranz JJ. 1994. Estudio genético en poblaciones bovinas mediante polimorfismos bioquímicos y de DN A (variaciones puntuales y microsatélites) [Tesis de doctorado] León, España: Facultad de Veterinaria, Universidad de León. Arranz JJ, Bayon Y, San Primitivo. 1996. Comparison of protein markers and microsatellites in differentiation of cattle populations. Anim Genet 27:415-419. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.1996.tb00508.x Arranz JJ, Coppieters W, Berzi P, Cambisano N, Grisart B, Karim L, Marq F, Moreau L, Mezer C, Riquet J, Simon P, Vanmanshoven P, Wagenaar D, Georges M. 1998. A QTL affecting milk yield and composition maps to bovine chromosome 20: A confirmation. Anim Genet 29:107- 115. https://doi.org/10.1046/j.1365-2052.1998.00307.x Barker JSF. 1994. A global protocol for determining genetic distances among domestic livestock breeds. En: Memorias V World Congress on Genetics Applied to Livestock Production. Guelph, Canada. pp. 501-508. Barker JSF, Bradley DG, Fries R, Hill WG, Nei M, Wayne RK. 1993. An integrated global programme to establish the genetic relationships among the breeds of each domestic animal species. Roma: FAO. Barrera GP, Martínez R, Ariza F. 2003. Caracterización genética molecular del ganado criollo colombiano utilizando marcadores moleculares tipo microsatélite y secuencia de ADN mitocondrial. En: VI Congreso Iberoamericano de Razas Criollas y Autóctonas y IV Simposio Iberoamericano sobre Conservación y Utilización de Recursos Zoogenéticos. Recife, Brasil. Barrera GP, Martínez R, Pérez JE, Polanco N, Ariza F. 2006a. Evaluación de la variabilidad genética en ganado criollo colombiano, mediante 12 marcadores microsatélites. AGRI 38:35-45. https://doi.org/10.1017/S1014233900002030 Barrera GP, Martínez R, Torrijos R, Ramón F. 2006b. Caracterización molecular de una población de ganado Caqueteño y su relación filogenética con razas bovinas criollas colombianas. Rev Corpoica 7(1):33-41. Bedoya G, Carvajal l, Bermúdez N, Moreno F, Márquez M, Davies S, Derr J, Ossa J, Ruiz A. 2001. Estructura molecular y poblacional del ganado criollo colombiano (GCC). Rev Colomb Cienc Pec 14(2):107-118. Belkhir K, Borsa P, Chikhi L, Raufaste N, Bonhomme F. 2003. GENETIX version 4.04, logiciel sous WindowsTM pour la genetique des populations. Montpellier, France: Laboratoire Genome, Populations, Interactions; CNR S; UMR 5000, Universite de Montpellier II. Bowcock AM, Ruiz-Linares A, Tomfohrde J, Minch E, Kidd JR, Cavalli- Sforza LL. 1994. High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites. Nature 368:455-457. https://doi.org/10.1038/368455a0 Brenneman RA, Chase Jr CC, Olson TA, Riley DG, Coleman SW. 2006. Genetic diversity among Angus, American Brahman, Senepol and Romosinuano cattle breeds. Anim Genet 38:50-53. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2006.01551.x Carvajal CLG, Bermúdez GN. 1998. Estimación de la diversidad genética intra e interespecífica de las razas bovinas criollas colombianas [Trabajo de grado]. Medellín, Colombia: Facultad de Ciencias Agropecuarias, Universidad Nacional de Colombia. Cavalli-Sforza LL, Zonta LA, Nuzzo F, Bernini L, Dejong WWW, Khan PM, Ray AK, Went LN, Siniscal M, Nijenhui LE, et al. 1969. Studies on African Pygmies. I. A pilot investigation of Babinga Pygmies in Central African Republic (with an analysis of genetic distances). Amer J Hum Genet 21(3):252-274. Ciampolini R, Moazami-Goudarzi K, Vaiman D, Dillmann C, Mazzanti E, Foulley J-L Leveziel H, Cianci D. 1995. Individual multilocus genotypes using microsatellite polymorphisms to permit the analysis of the genetic variability within and between Italian beef cattle breeds. J Anim Sci 73:3259-3268. https://doi.org/10.2527/1995.73113259x Crow JF, Kimura M.1970. An Introduction to population genetics theory. New York, NY : Harper and Row Publishers. Cheng HH, Crittenden LB. 1994. Microsatellite markers for genetic mapping in the chicken. Poultry Sci 73:539-546. https://doi.org/10.3382/ps.0730539 Egyto AA, Paiva SR, Albuquerque MSM, Mariante AS, Almeida DL, Castro R, Grattapaglia D. 2007. Microsatellite based genetic diversity and relationships among ten Creole and commercial cattle breeds raised in Brazil. BMC Genet 8:83-96. https://doi.org/10.1186/1471-2156-8-83 Falconer DS, Mackay TFC. 1996. An introduction to quantitative genetics. 4a ed. Londres: Longman Pub. FAO. 2003. Secondary guidelines for development of national farm animal genetic resources management plans. Measurement of domestic animal diversity (MoDAD): recommended microsatellite markers. Roma. Felsenstein J. 2003. Inferring phylogenies. 2a ed. Sunderland, MA: Sinauer Associates. García D, Cañón J. 2007. Diversidad de las especies de animales domésticos: Importancia y conservación de la variabilidad genética. FEAGAS 31:61-66. Hedrick PW. 2005. Genetic of populations. 3a ed. Boston, MA: Jones and Bartlett. Machugh DE, Loftus RT , Bradley DG, Sharp PM, Cunningham P. 1994. Microsatellite DN A variation within and among European cattle breeds. Proc R Soc Lond B 256(1345):25-31. https://doi.org/10.1098/rspb.1994.0044 Machugh DE, Shriver MD, Loftus RT , Cunnigham P, Bradley DG. 1997. Microsatellite DN A variation and the evolution, domestication and phylogeography of taurine and zebu cattle (Bos Taurus and Bos indicus).Genetics 146:1071-1086. Martínez RA, Pérez JE. 2006. Parámetros y tendencias genéticas para características de crecimiento en el ganado criollo colombiano Romosinuano, Rev Corpoica 7(1):25- 32. https://doi.org/10.21930/rcta.vol7_num1_art:56 Moazami-Goudarzi K, Laloe D, Furet JP, Grosclaude F. 1997. Analysis of genetic relationships between 10 cattle breeds with 17 microsatellites. Anim Genet 28:338-345. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.1997.00176.x Moreno F, Bedoya G, Derr JN, Carvajal LG, Bermúdez N, Ossa J, Estrada L, Scott D, Zuluaga FN, Berdugo J, et al. 2001. Diversidad genética y relaciones filogenéticas del ganado criollo colombiano. Rev Corpoica 3(2):17-23. https://doi.org/10.21930/rcta.vol3_num2_art:183 Nei M. 1972. Genetic distances between populations. Amer Natur 106:283-292. https://doi.org/10.1086/282771 Parejo J, Sansinforiano M, Rabasco A, Martínez-Trancon M, Fernández- García J, Padilla J. 1998. Utilización de la técnica RAPD para estudios poblacionales en la raza bovina Blanca Cacereña. Arch Zootec 47:279- 286. Piedrahíta AM, Posso A, Muñoz JE, Álvarez LA. 2008. Variabilidad genética de Hartón del Valle mediante RAM. Acta Agron 57(1):71-76. Pizarro M, Mujica F, Felmer R. 2009. Estructura poblacional y diversidad genética de rebaños bovinos de carne del sur de chile. Agro Sur 37(1):60-83. https://doi.org/10.4206/agrosur.2009.v37n1-07 Postiglioni A, Rincón G, Kelly L, D'Angelo M, Gagliardi R, De Andrés Cara D. 1998. Caracterización genética de los bovinos criollos del Uruguay. II. Estudio de su variabilidad genética. Arch Zootec 47:225-231. Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P. 2000. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics 155:945-959. Rodellar C, Martin-Burriel Y, Cons C, Zarazaga I. 1996. Genetic structure and distances between three Spanish bovine breeds using INR A05, INR A063, ETH3, ETH10, ETH225 and LSTS005 microsatellites. En: Proceedings of XXV International Society for Animal Genetics. Tours, France. Saitou N, Nei M. 1987. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol 4:406-425. Sastre HJ. 2003. Descripcion, situación actual y estrategias de conservación de la raza bovina colombiana criolla Casanare [Tesis de doctorado]. Andalucía, España: Universidad de Córdoba. Sifuentes-Rincón AM, Puentes-Montiel H. Parra-Bracamonte GM. 2007. Assesment of genetic strucure in mexican charolais herds using microsatellite markers. Electron J Biotechnol 10(4):492-499. https://doi.org/10.2225/vol10-issue4-fulltext-12 Sun W, Chen H, Lei X, Zhang Y. 2008. Genetic variation in eight Chinese cattle breeds based on the analysis or microsatellite markers. Genetic Sel Evol 40:681-692. https://doi.org/10.1186/1297-9686-40-6-681 Takezaki N, Nei M. 1996. Genetic distance and reconstruction of phylogenetic trees from microsatellite DN A. Genetics 144:389- 399. Wright S. 1969. Evolution and the genetics of populations. The theory of gene frequencies. Chicago, IL: University of Chicago Press. Yan L, Zhang D. 2004. Effects of sample size on various genetic diversity measures in population genetic study with microsatellite DN A markers. Acta Zool Sinica 2:279-290. Zamora M, Ginés R, Afonso JM, Reig M, García L, Zamorano MJ. 2004. Caracterización genética de la raza bovina Canaria utilizando microsatélites: estudio preliminar. Arch Latinoam Prod Anim 12(Supl. 1):12-15. Zamorano MJ, Ruiter J, Rodero A, Veja JL. 1998. Análisis genético de marcadores microsatélites en dos poblaciones de la raza bovina berrenda en negro. Arch Zootec 47:195-200. Zhang D-X. 2004, Lepidopteron microsatellite DN A: redundant but promising. Trenes Ecol Evol 19:507-509. https://doi.org/10.1016/j.tree.2004.07.0200


Ficheros en el ítem

FicherosTamañoFormatoVer

No hay ficheros asociados a este ítem.

Este ítem aparece en la(s) siguiente(s) colección(ones)

Mostrar el registro sencillo del ítem