Bioinformatic study of the CRN8 gene in Phytophthora infestans causing late blight disease in plants.

Sánchez Rebellón , Juan Diego; León Rodríguez , Daniel Arturo; Gaviria Arias , Duverney

Estudio bioinformático del gen CRN8 en Phytophthora infestans causante de la enfermedad tizón tardío en plantas

dc.creator	Sánchez Rebellón , Juan Diego
dc.creator	León Rodríguez , Daniel Arturo
dc.creator	Gaviria Arias , Duverney
dc.date	2022-03-03
dc.date.accessioned	2022-05-25T14:18:54Z
dc.date.available	2022-05-25T14:18:54Z
dc.identifier	https://revistas.unilibre.edu.co/index.php/microciencia/article/view/8592
dc.identifier.uri	http://test.repositoriodigital.com:8080/handle/123456789/37248
dc.description	The oomycota Phytophthora infestans is a challenge to control, because this pathogen has the ability to cause disease to food crops as it is considered a phytopathogenic oomycete, which today continues to hinder crop production and damage ecosystems worldwide, This series of infection processes to crops involves the secretion of effector proteins by the pathogen such as CRN8, in order to manipulate plant cell processes and nutrient uptake to support its growth and proliferation. For this reason, the analysis was carried out in this study using computational biology tools in order to further advance on the complete characterization of this sequence. The alignment of several genetic sequences of CRN8 was performed as well as a phylogenetic comparison of these sequences. In the structural analysis part, the three-dimensional structure of the protein product of this gene was modeled by using protein model prediction tools based on threading and ab initio predictive methods. Homology of our protein with transferase type enzyme models was found when aligning with structures contained in the Protein Data Bank (PDB). Likewise, we were able to obtain an important data such as the ligand binding site of the protein evaluated, finding that the molecule S-adenosyl-L-homocysteine was the one that best fit in its active site.	en-US
dc.description	El oomycota Phytophthora infestans es un desafío a controlar, debido a que este patógeno posee la capacidad de ocasionarle enfermedades a los cultivos alimenticios ya que se considera un oomiceto fitopatógenos, por lo cual, hoy en día continúa dificultando la producción de cultivos y perjudicando los ecosistemas a escala mundial, esta serie de proceso de infección a los cultivos implica la secreción de proteínas efectoras por parte del patógeno como la CRN8, con la finalidad de manipular los procesos de las células vegetales y la captación de nutrientes para apoyar su crecimiento y proliferación. Por esta razón se llevó a cabo en este estudio el análisis mediante herramientas de biología computacional con el fin de avanzar más sobre la caracterización completa de esta secuencia. Se realizó el alineamiento de diversas secuencias genéticas de CRN8 así como también se realizó una comparación filogenética de estas. En la parte del análisis estructural se realizó el modelamiento de la estructura tridimensional de la proteína producto de este gen mediante el uso de herramientas de predicción de modelos proteicos basados en métodos predictivos por enhebrado y ab initio. Se encontró homología de nuestra proteína con modelos de enzimas de tipo transferasa al momento de realizar alineamientos con estructuras contenidas en el Banco de Datos de Proteínas (PDB). De igual manera se logró conseguir un dato importante como lo es el sitio de unión a ligando de la proteína evaluada, encontrando que la molécula S-adenosil-L-homocisteína fue la que mejor encajó en su sitio activo.	es-ES
dc.format	application/pdf
dc.language	spa
dc.publisher	Universidad Libre	es-ES
dc.relation	https://revistas.unilibre.edu.co/index.php/microciencia/article/view/8592/7596
dc.source	Microciencia; Núm. 9 (2020): Microciencia; 57-81	es-ES
dc.source	2323-0320
dc.source	2323-0320
dc.subject	Phytophthora infestans	es-ES
dc.subject	CRN8	es-ES
dc.subject	Proteinas Crinkler	es-ES
dc.subject	Oomicetos	es-ES
dc.subject	CRN8	en-US
dc.subject	Proteinas Crinkler	en-US
dc.title	Bioinformatic study of the CRN8 gene in Phytophthora infestans causing late blight disease in plants.	en-US
dc.title	Estudio bioinformático del gen CRN8 en Phytophthora infestans causante de la enfermedad tizón tardío en plantas	es-ES
dc.type	info:eu-repo/semantics/article
dc.type	info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type	Artículo revisado por pares	es-ES

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