Bioinformatic analysis of lactate dehydrogenase: a focus on Lactococcus lactis.

León Rodríguez , Daniel Arturo; Gaviria Arias , Duverney

Análisis bioinformático del lactato deshidrogenasa: un enfoque hacia Lactococcus lactis

dc.creator	León Rodríguez , Daniel Arturo
dc.creator	Gaviria Arias , Duverney
dc.date	2022-03-03
dc.date.accessioned	2022-05-25T14:18:55Z
dc.date.available	2022-05-25T14:18:55Z
dc.identifier	https://revistas.unilibre.edu.co/index.php/microciencia/article/view/8593
dc.identifier.uri	http://test.repositoriodigital.com:8080/handle/123456789/37249
dc.description	Lactic acid bacteria play a fundamental role in food fermentation, the lactic acid produced by this group of microorganisms is of high value and most of it is obtained by pyruvate fermentation through lactate dehydrogenase. Lactococcus lactis is one of the most widely used lactic acid bacteria in the industry and the presence of different LDH has been reported. The aim of this article was to make use of bioinformatics tools to observe and compare the LDHs found in the same strain of L. lactis in order to determine the different coding sequences for different LDHs and to analyze their importance and impact in the industrial field. NCBI programs and databases were used to find different LDHs reported in the same strain and corroborated that they were not the same protein reported several times. In addition, Swiss model was used to model the proteins and identify their characteristics and RasMol for their structural aspects. We found 3 LDHs in L. lactis strain UC063 encoded in different parts of the genome with different amino acid sequence, confirmed the identity of L-LDH, LDH-2 and LDH-3 and evidenced the different structural features for each protein modeling. It is important to take into account the multiple genes because if the redirection of the metabolic flux of the microorganism for industrial purposes is desired, there must be multiple silencing. As for the protein analysis, it is necessary to evaluate the characteristics in a more exhaustive way because in this study differences were established for key points such as protein motifs, but not the behavior of each enzyme and how these differences have an impact on the functioning.	en-US
dc.description	Las bacterias ácido lácticas juegan un papel fundamental en la fermentación de los alimentos, el ácido láctico producido por este grupo de microorganismo es de alto valor y gran parte se obtiene por la fermentación del piruvato mediante la lactato deshidrogenasa. Lactococcus lactis es una de las bacterias acido lácticas más usadas en la industria de la cual se ha reportado la presencia de diferentes LDH. El objetivo de este artículo fue hacer uso de las herramientas bioinformáticas para observar y comparar las LDH encontradas en una misma cepa de L. lactis con el fin de determinar las diferentes secuencias codificantes para distintas LDH analizando su importancia e impacto en el ámbito industrial. Se utilizaron los programas y bases de datos NCBI para encontrar distintas LDH reportadas en una misma cepa y se corroboró que no se tratara de una misma proteína reportada varias veces. Además, Swiss model se usó para modelar las proteínas e identificar sus características y RasMol para sus aspectos estructurales. Se encontraron 3 LDH en la cepa UC063 de L. lactis codificadas en distintas partes del genoma con diferente secuencia de aminoácidos, se confirmó la identidad de L-LDH, LDH-2 y LDH-3 y se evidenciaron las diferentes características estructurales para cada modelamiento de las proteínas. Es importante tener en cuenta los múltiples genes ya que si se desea el redireccionamiento del flujo metabólico del microorganismo para fines industriales debe haber un múltiple silenciamiento, en cuanto al análisis proteico, es necesario evaluar las características de manera más exhausta pues en este estudio se establecieron diferencias para puntos clave como los motivos proteicos, pero no el comportamiento de cada enzima y como estas diferencias repercuten en el funcionamiento.	es-ES
dc.format	application/pdf
dc.language	spa
dc.publisher	Universidad Libre	es-ES
dc.relation	https://revistas.unilibre.edu.co/index.php/microciencia/article/view/8593/7597
dc.source	Microciencia; Núm. 9 (2020): Microciencia; 82-107	es-ES
dc.source	2323-0320
dc.source	2323-0320
dc.subject	Lactato deshidrogenasa	es-ES
dc.subject	Lactococcus lactis	es-ES
dc.subject	sitio alostérico	es-ES
dc.subject	gen ldh	es-ES
dc.title	Bioinformatic analysis of lactate dehydrogenase: a focus on Lactococcus lactis.	en-US
dc.title	Análisis bioinformático del lactato deshidrogenasa: un enfoque hacia Lactococcus lactis	es-ES
dc.type	info:eu-repo/semantics/article
dc.type	info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type	Artículo revisado por pares	es-ES

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